Sindirim sisteminin sağlıklı çalışmasını ve bağırsak florasının korunmasını destekler.
Bağırsak sağlığı için ilk ve en temel nokta, bağırsak florasının bakteri dengesini sağlamaktır. Sağlıklı bir bağırsakta probiyotik adı verilen faydalı bakterilerin oranı yüksek, hastalık yapıcı patojen bakterilerin ve mantarların oranı düşük olmalıdır.
Gaps hastalarında ise patojenik flora oranı yüksektir, mikrobiyota problemleri bulunur. Bağırsağın hasarlı olma durumunu ifade eden bu tablo nedeniyle Gaps beslenmesinde probiyotik sağlayan fermente gıdalar ile probiyotik takviyeleri büyük önem taşır.
Bu diyet söz konusu gıdaların tüketimini artırmaya yönelik bir çeşit beslenme protokolü olarak öne çıkar.